为追查害死妻子的凶手，罗燃在好友宁羽的陪同下登上一列观光火车。在车上，他看到了怀疑对象——跟随神秘包裹指引而来的计算机博士江雪。观光车上乘客们大多被美景吸引，没注意到有一个小偷出没，大学生乘客林海涛有意制止，却被舅舅陈立呵斥住了。幸而罗燃出手抓住小偷。突然，原本平静行驶的火车不受控制地变轨，而后提速冲进一个废弃已久的漆黑隧道，最终停在一个老旧的站台。走出车站，乘客们发现所到之处是一座神秘空城，这里的一切仿佛都保持着二十年前的风貌。乘客们穿过站前广场，来到空无一人的超市。短暂休息，火车司机阿菲发现儿子志豪不见了，众人出门帮其找孩子的过程中，超市内外突然受到了蝙蝠袭击。女青年谢颖躲在垃圾桶里，眼看其闺蜜小鱼被蝙蝠攻击却无力相救。幸存者们拼命逃回超市，而陈立等人却为自保不愿开门，幸好一位退休教师刘正毅站出来主动开门，救了罗燃等人。罗燃回到超市，发现一直同行的江雪不见了，他执意再次外出寻找。原来，江雪是去找被绑在车站的小偷二二，要回自己被偷的文件袋。

在超市后门无法进入的三人正准备迎战蝙蝠，就在蝙蝠即将飞来的千钧一发之际，宁羽终于打开卷闸门，罗燃等人脱离危险。深夜，江雪感谢罗燃救命之恩，而罗燃心里却满是对江雪的怀疑和仇恨。谢颖想着闺蜜小鱼和刚才的一幕幕，自责又难过。为离婚旅行而来的夫妻秦奋和安琪因为无法按时赶回家而发生口角。火车经理老路责怪阿菲开车失误将大家带到这里。天亮之后，老路提议大家尽快上车离开，阿菲则坚持要找孩子，乘客们约定白天先帮找孩子，下午四点准时在超市集合出城。三点刚到，陈立就带领大家登上火车准备发车，乘客们不同意这种自私的行为，陈立则坚持让安全员阿新开动了火车。不料火车刚刚起步就被塌方碎石堵住了去路，陈立只得倒车，乘客们不得不再次回到超市，并紧闭门窗自保。罗燃等人在约定时间回到超市，却被挡在门外进不去。僵持之际，超市后门突然神秘地自动升起，一群蝙蝠飞入，超市里面的人被团团包围，罗燃等人破门而入，这才救了大家。众人逃至广场，江雪提出可以去城中一个酒店安身。

为追查害死妻子的凶手，罗燃在好友宁羽的陪同下登上一列观光火车。在车上，他看到了怀疑对象——跟随神秘包裹指引而来的计算机博士江雪。观光车上乘客们大多被美景吸引，没注意到有一个小偷出没，大学生乘客林海涛有意制止，却被舅舅陈立呵斥住了。幸而罗燃出手抓住小偷。突然，原本平静行驶的火车不受控制地变轨，而后提速冲进一个废弃已久的漆黑隧道，最终停在一个老旧的站台。走出车站，乘客们发现所到之处是一座神秘空城，这里的一切仿佛都保持着二十年前的风貌。乘客们穿过站前广场，来到空无一人的超市。短暂休息，火车司机阿菲发现儿子志豪不见了，众人出门帮其找孩子的过程中，超市内外突然受到了蝙蝠袭击。女青年谢颖躲在垃圾桶里，眼看其闺蜜小鱼被蝙蝠攻击却无力相救。幸存者们拼命逃回超市，而陈立等人却为自保不愿开门，幸好一位退休教师刘正毅站出来主动开门，救了罗燃等人。罗燃回到超市，发现一直同行的江雪不见了，他执意再次外出寻找。原来，江雪是去找被绑在车站的小偷二二，要回自己被偷的文件袋。

在超市后门无法进入的三人正准备迎战蝙蝠，就在蝙蝠即将飞来的千钧一发之际，宁羽终于打开卷闸门，罗燃等人脱离危险。深夜，江雪感谢罗燃救命之恩，而罗燃心里却满是对江雪的怀疑和仇恨。谢颖想着闺蜜小鱼和刚才的一幕幕，自责又难过。为离婚旅行而来的夫妻秦奋和安琪因为无法按时赶回家而发生口角。火车经理老路责怪阿菲开车失误将大家带到这里。天亮之后，老路提议大家尽快上车离开，阿菲则坚持要找孩子，乘客们约定白天先帮找孩子，下午四点准时在超市集合出城。三点刚到，陈立就带领大家登上火车准备发车，乘客们不同意这种自私的行为，陈立则坚持让安全员阿新开动了火车。不料火车刚刚起步就被塌方碎石堵住了去路，陈立只得倒车，乘客们不得不再次回到超市，并紧闭门窗自保。罗燃等人在约定时间回到超市，却被挡在门外进不去。僵持之际，超市后门突然神秘地自动升起，一群蝙蝠飞入，超市里面的人被团团包围，罗燃等人破门而入，这才救了大家。众人逃至广场，江雪提出可以去城中一个酒店安身。

夜深人静的时候，阿菲突然执意出门，说自己听到超市方向传来志豪的哨声。大家都觉得阿菲太思念儿子而产生了幻觉，江雪却提出愿意陪阿菲外出寻找，罗燃带着对江雪的怀疑，也要求同行。三人来到超市，真的找到了藏身于纸箱内的志豪，欣喜之际突然一群蝙蝠飞来，阿菲为给罗燃、江雪和志豪争取更多时间，将志豪托付给罗燃江雪，用身体将蝙蝠挡在门外，最终被蝙蝠吞没。罗燃和江雪心痛地将志豪带回酒店。江雪房间里墙上的涂鸦，是小时候她和弟弟江南比个子留下的。二十年前，江雪的母亲章婕曾在这里工作，江雪和江南也曾在这儿度过美好的童年时光。陈立在酒店找到一份地图，地图显示这个城市低处一座四面环海的孤岛，陈立提出大家分组寻找出路。众人外出找路的时候，江雪偷偷拿出一份这里的地下通道地图，来到小时候跟在妈妈身后走过的地道。正当江雪在地道里四处寻觅之时，悄悄跟在她身后的罗燃突然出现，挑明了自己对江雪的怀疑，但他只说了计算机教授梁冬被杀案，未提妻子在此过程中受牵连意外身亡。江雪拿出证据证明自己和教授之死并无关系，罗燃则完全不相信。

众人把谢颖和小宋送回酒店，好心的医生秦奋组织大伙帮忙准备手术。秦奋发现小宋肝脏已经破裂，没能救回他的性命。大家开始对好心相救的秦奋充满不信任感，但罗燃仍支持他继续给谢颖做手术。手术需要止血钳，江雪称自己沿路看到过医院，于是罗燃和她一起外出寻找。止血钳顺利找到，秦奋救回了受伤的谢颖。安琪全程协助秦奋手术，在过程中也看到了秦奋的善良和敬业，二人的关系得到缓和。罗燃发现自己一直戴着的用婚戒串成的项链不见了，他急忙来找江雪索要地道地图试图找回，结果他不知江雪有重病，耽误了她吃药的时间，使得江雪晕了过去。秦奋检查发现江雪得的是一种名为酸血症的罕见遗传性疾病，不按时吃药将造成严重后果。江雪醒来后告诉罗燃她的妈妈曾在此工作，但妈妈和弟弟都已经不在了。而自己这次是被一个快递档案吸引登上火车才回到此地，并拿出了自己在梁冬被害当天的不在场证明。罗燃终于明白自己怀疑错了对象，愧疚的同时，对江雪也多了一份同情。乘客们分头出去找食物，刘正毅在超市找到很多压缩饼干，陈立为独吞食物劝刘正毅隐瞒，但遭到刘正毅拒绝。

陈立夸赞阿新和自己一样有“狼性”，两人达成“合作”关系。二二在超市蝙蝠的攻击中救过果儿，两人交流多了起来，莫俪看到果儿和小偷手语交流，对女儿一顿训斥。陈立把外出找到的植物种子和食物送给莫俪，两人的关系亲近了起来。林海涛为表达对果儿的好感，偷偷把一包压缩饼干塞给了她，果儿把饼干拿给志豪，罗燃宁羽看到后，抓着海涛一路到超市找到了大量压缩饼干和被绑的刘正毅。回到超市后的罗燃将陈立做的事在众人面前揭穿，愤怒的乘客们将陈立等人绑在超市等候惩罚。突然一个神秘的女孩娜娜出现在了酒店，声称自己也因为旅行被困至此，同伴们都遇难了，而她已经独自在此处待了七十六天。大家接纳了她，但罗燃、江雪却发现了她讲述中很多奇怪的地方，对她存有疑虑。秦奋安琪再次争吵，安琪独自在走廊踱步，一回头发现被蝙蝠咬过的小鱼竟然变成了奇怪的样子，狰狞地看着自己。莫俪给被绑超市的陈立等人送去食物，离开超市时看到不远处有几个被蝙蝠咬过的人晃晃悠悠地走着，好像生病了一样，觉得奇怪又恐怖，赶紧跑回了超市。

感染者小鱼失去正常意识般地冲着安琪扑咬过来，闻声而来的秦奋救走安琪，被咬伤的安琪痛苦异常。谢颖开门查看，小鱼被声音吸引，冲进了谢颖房间，幸好宁羽相救，谢颖没有被攻击。志豪听到了一种好像只有他能听到的刺耳的声音，他循声走去，一群被蝙蝠咬过的感染者突然向他跑来，还好江雪及时赶到带他逃了出来。娜娜带着江雪等人寻找地下室的出口，却被坏掉的电梯拦住了去路，被一群失去理智的感染者们逼到了墙角。罗燃宁羽一路边救人边躲避感染者，大家逃到楼上的活动室，终于暂时安全。罗燃发现江雪不见了，于是决定和宁羽一起去地下室寻找，他们扒开电梯门，失修的电梯竟突然降落，电梯门开，罗燃解救了江雪娜娜等人。超市里，陈立他们也遇到了感染者的追逐和攻击，他们从超市一路逃跑，来到了SECURITY（安全处），还无意中找到了几杆枪。陈立等人击退感染者，又在车库里找到两辆还能开动的汽车。安琪被咬后眼睛开始变红，神志也开始不清，显露出和感染者一样的特征。

陈立回到酒店，凭借有了武器再次得势，并将一把枪给了支持自己的老路。 在超市遇到蝙蝠袭击时，二二看到果儿跑掉了一只鞋，于是他在商店里找到一双还能穿的鞋送给了果儿，海涛看到后心生醋意。晚上，老路给大家分食物，他说刘正毅工作完成得不好，因此克扣了他的食物。谢颖秦奋等人都质疑老路的公平性，老路拿出枪相威胁，大家顿时不敢多言。陈立开车带莫俪来到SECURITY（安全处），原来他为躲避感染者来到这里时还找到了一艘快艇，却偷偷隐瞒下来没告诉任何人。快艇限载15人，陈立许诺会给莫俪母女上船名额，只要莫俪追随他。莫俪回到酒店，果儿责怪她和以前一样，只会靠男人让人看不起，原来，莫俪年轻时生下果儿，但她遇人不淑，只身一人带着果儿辛苦生活。宁羽一直关心和帮助身体有伤又对闺蜜心怀愧疚的谢颖，他帮谢颖加固窗户，耐心地安慰她，两人关系渐渐走近。陈立回到酒店，召集了几个能修船的乘客，组成秘密小队，并承诺船修好后带这几个人一起离开这里。夜深了，老路在仓库偷吃食物，不料一只蝙蝠从窗户钻入，咬了老路。

老路被咬后不愿离开酒店，还用枪威胁大家，陈立这才告诉他，枪里根本就没有子弹，并无情地将老路赶出了酒店。罗燃在一只死蝙蝠的体内发现了芯片，江雪研究发现，蝙蝠受到芯片和超声波的控制，不但有攻击性，而且还携带着能致人感染的病毒。志豪再次听到那种只有他能听到的刺耳的声音，感染者们又一次来到酒店。海涛不敢对感染者开枪，还被扑上来的感染者吓得尿了裤子，陈立恨铁不成钢，教育他要做狼而不能做羊。感染者阿菲被抓住后绑在酒店后院，阿新不顾志豪的阻拦，用棍棒欺负阿菲，幸好罗燃赶来拦住阿新，还推出了他枪里的子弹。夜幕降临，江雪提到志豪每次在感染者接近时都会听到刺耳的声音，罗燃推断感染者也像蝙蝠一样受到了高频声波的控制。志豪来到后院，试图唤醒妈妈，阿菲眼里流露出一丝情感，但理智却很快又消失了。还好罗燃等人及时赶到，救了志豪。但没想到，打斗过程中罗燃被阿菲咬到，江雪等人看着罗燃胳膊汩汩流血，不禁愣住。罗燃怕自己感染伤害其他人，收拾东西主动离开酒店，走在街道时听到身后有人，原来是江雪追了出来。

深夜宁羽坐在房间，回想起当初和罗燃一起打拳的日子，那时候罗燃总是忙于工作没空陪妻子，而宁羽则整天为房子首付的钱发愁。陈立敲门进来，他告诉宁羽自己发现了一艘快艇，并用上船名额诱惑宁羽帮自己确保修船顺利进行。 第二天一早，陈立让宁羽带着他们去找罗燃，见宁羽不同意，他又加码五万美金诱惑。宁羽带陈立等人来到灯塔，宁羽提出要和罗燃单独待会儿。江雪被阿新带下灯塔。突然，被带到山坡下的江雪眼看着罗燃从悬崖掉入海里，痛苦不堪。原来宁羽当初为凑房子首付，出卖了罗燃调查梁冬案的记录，因此把幕后黑手引向了罗燃，致使罗燃开车追查的途中不慎发生车祸，其妻桃子在车祸中身亡。宁羽在灯塔向罗燃坦白了这一切。阿新又一次来欺负安琪，秦奋努力保护妻子，阿新等人走后，秦奋在行李中发现了安琪悄悄藏好的超声波检验单，原来安琪已经怀孕了却一直没告诉自己，秦奋既兴奋又心疼。通过娜娜的收音机，大家得知搜救队已经在最大人力的展开救援，但因为山体滑坡的阻拦，可能还需六个月才能进城，大家看到了希望，在这里踏实等待救援。

江雪在酒店天台进行超声波实验，成功改变了蝙蝠的飞行轨迹。陈立借补窗帘之名把莫俪叫到房间，两人温存之际，果儿敲门来找莫俪，陈立和莫俪急忙躲进衣柜，却意外发现衣柜里有一个运行中的摄像头正闪着红点。乘客们这才发现原来酒店内外到处都是监控摄像头，所有人的一举一动都被监视着，大家愤怒地纷纷拆下自己房间的摄像头，恐惧在人群中蔓延。海涛在众目睽睽之下从二二房间搜出了大量压缩饼干和自己丢失的手表，他声称二二贼性难改，果儿一时辨不清真相，二二被逼离开酒店。秦奋在运动场找到了安琪，他发现罗燃竟然没死，也在感染者群中。陈立得知罗燃还活着，而且感染者聚集的位置正是其运船下海的必经之路，于是决定主动出击，清除威胁。江雪终于成功破解了第一道防火墙，打开了网络，但这个网络只能浏览有限的网页，不能输入和发送消息。大家聚在大厅连网，突然酒店断电，电在来时，江雪发现自己的电脑被入侵并删除数据，而且那个人就在酒店。江雪和宁羽怀疑娜娜，一同来找其对峙，但娜娜却假装无辜。

陈立等人来到运动场，将枪口对准了感染者。秦奋趁机把安琪带回了酒店。江雪用声音把罗燃引到医院，试图唤醒罗燃，但罗燃却意识不清，不断攻击江雪。突然枪响，娜娜在与感染者打斗的过程中枪不慎走火，枪声赶走了罗燃。娜娜被感染者咬，她跑到森林里，竟从包里拿出了一个能让感染者恢复意识的针剂。娜娜不断抽搐，无法为自己打针，这一切被不远处的二二看在眼里。娜娜让二二帮自己打针，二二照做后想悄悄带走剩余的另一个针剂，却被娜娜用枪威胁。海涛到邮局给果儿找随身听，遇到了“被感染”的二二，海涛情急之下慌乱说出自己设计诬陷二二的真相。果儿拿着手机出现，原来他们为证明二二清白，合演这出戏，只为引海涛说出了真相。果儿回到酒店，告诉大家二二发现娜娜有针剂的事，娜娜当然不会承认，反倒是二二更受到大家的怀疑，再次被当作小偷绑了起来。晚上，莫俪告诉了果儿陈立有船可以带她们出去，但船位有限帮不了别人。莫俪把一袋食物交给果儿让他给二二送去，果儿来找被绑着的二二，哭着和他告别，二二却还不明所以。

江雪通过人脸识别查到娜娜的身份信息和家庭信息，发现娜娜原来是1997年出生，也是计算机专业毕业。娜娜曾被收养，但继母早早过世，而她的继父正是和娜娜一起出现在地下视频交易网站上家暴她的人。江雪借口找娜娜喝酒，想要打探她的更多信息，江雪从娜娜口中得知她有个程序员男友，还从她包里发现一个手机和一把枪。娜娜主动将针剂丢给江雪，江雪和秦奋虽然都怀疑娜娜这么做心存不轨，但却只能尝试一下。二人本想先救眼前的安琪，但秦奋犹豫再三，决定把针剂留给罗燃，让他回来好救更多的人。得知针剂一事的陈立害怕罗燃恢复正常后会阻碍自己坐船逃出的计划，于是告诉宁羽如果想上船，就后天早上拿着那支针剂来登船。第二天，江雪和宁羽一起找到罗燃并给他注射了针剂，被注射后罗燃跑走，江雪和宁羽惴惴不安。清晨，阿新等人运船遭遇感染者袭击，船被损坏，陈立只好让大家先回酒店再从长计议。晕倒在海边的罗燃睁开双眼，眼睛已经恢复成了正常人的颜色，他被治愈了。

船被感染者损坏，陈立决定带人去找他们算账。他们来到感染者聚集地，再次把枪口对准了他们。罗燃让海涛在车里按喇叭，把陈立等人引开，然后自己用声音把感染者们引到了海边的山洞里。海涛说他看到罗燃还活着，愤怒的陈立追到山洞，一把火要烧死所有感染者。莫俪陈立给的种子种的蔬菜收获了，大家终于吃到了新鲜的食物。被治愈的罗燃回到酒店，江雪大喜，但宁羽却有一丝犹豫。罗燃告诉大家自己找到了新的安身之处，希望大家能相信他和他一同迁移。但众人碍于陈立的威慑，不敢声张。只有看到治愈安琪希望的秦奋随江雪二二志豪一同跟罗燃离开。宁羽面对罗燃背过了身不愿离开，这让罗燃惊讶又失望。罗燃带着大家入住医院。原来，他在山洞里带着感染者们找到一条神秘的地道，从熊熊大火中逃了出来，并将感染者们也安置在了医院里。入住医院的这天晚上，江雪主动亲吻罗燃表白心迹，罗燃却说自己心里有放不下的东西，拒绝了江雪，江雪把项链还给了罗燃。江雪在医院档案室中看到了梁冬的档案，罗燃发现梁冬二十年前曾在此工作，推测梁冬案和这里发生的事有关。

江雪通过医院档案袋查到了母亲章婕的资料，发现章婕是遭遇车祸住院后身亡。罗燃找到章婕的病床，发现床头竟然有手铐的痕迹，他推断章婕的死和这座城市背后的秘密、和摄像头背后的人都有关系。罗燃找到陈立希望寻求合作，罗燃计划陈立用船引出娜娜，然后自己趁机抓住娜娜。陈立也担心娜娜破坏出海计划，于是同意了与罗燃合作。夜里，莫俪在房间和果儿说第二天要走的事，不巧被乘客小楠偷听到。到了约定的日子，陈立等人打算运船出海。娜娜在监控室里通过屏幕看着陈立等人运船，罗燃他们适时地切断摄像头，监控屏顿时成了雪花。娜娜急忙跑到海边查看，却发现乘客小楠带着众人来到海边抢船，陈立计划破败，不得已只好让大家先回酒店再商议。娜娜收到神秘短信提示，告诉她罗燃正在监视，于是起身准备跑走，罗燃紧追不舍，一路追到一片森林，意外发现森林里满是蝙蝠，娜娜却不见了踪影。罗燃推断，一切秘密都在森林里，但想要进入森林就得先消灭蝙蝠。

海涛手机突然有了信号，收到一则新闻：陈立因经济犯罪被通缉，出城后就会被抓捕。海涛大惊告诉陈立，陈立让海涛照常出城，自己留下来等风平浪静了再出去。海涛走后，陈立陷入了沉思。第二天一早，陈立提前离开酒店，带着一桶汽油来到海边，一把火点燃了船。原来他为了逃避现实，准备让大家都出不去城。尾随其后的宁羽见状，赶忙上前灭火，但火势太大，宁羽只能眼睁睁看着逃生希望被毁。宁羽情急之下一棍打倒了陈立，并把他拖进了海里。大家追出来发现船被毁，陈立也不见了，小楠说她听到了陈立被通缉的消息，推测陈立因此做出烧船的举动。阿新等人气急败坏，只能冲着海涛发火，将他痛揍一顿。害了陈立的宁羽内心慌乱不已，谢颖过来找他，他抱住谢颖仿佛抓到了救命稻草。海涛沿着海岸线一路寻找，终于找到了被海水冲到岸边的陈立。海涛把昏迷的陈立带回酒店，遭到了众人埋怨和欺负，只有刘正毅腾出一间房给了陈立。罗燃和江雪计划利用超声波一举消灭蝙蝠，他来到酒店请大家帮忙，很多人都愿意冒险一试。

海涛来到医院请求秦奋救陈立，但秦奋难以原谅陈立曾经欺负安琪的行为，狠下心不理会，海涛在医院门口长跪不起。罗燃劝说秦奋：如果安琪未被感染，她会希望秦奋怎么做？秦奋被罗燃说服，来到酒店查看陈立病情。宁羽听说陈立身体恢复的可能性很大，为了掩盖自己的行为，再次计上心头。宁羽让阿新把陈立和海涛赶出了酒店，海涛只好带着舅舅找到一个破旧的羊圈安身。罗燃决定用超声波把蝙蝠吸引到一个粮仓，然后放火一举歼灭所有蝙蝠。宁羽开车前来帮忙，车载着超声波发射器，把蝙蝠引到了粮仓，大家一起点火倒汽油，蝙蝠被关在粮仓里全部消灭了。秦奋等人消灭蝙蝠后回到医院，得知安琪临盆，秦奋慌乱之后很快镇定下来。经过一宿，孩子顺利出生，而且并无感染者特征，大家心中石头落地。蝙蝠被剿灭，罗燃决定进森林找到娜娜、找出幕后操纵者。

罗燃宁羽江雪穿过森林，眼前是干净整齐的507大楼，与外面的破败城市大不相同。罗燃被吸引到一个白色房间，屏幕上播放着妻子桃子曾经被偷拍的生活片段，房间里充满了桃子哀怨的声音，说着责怪罗燃的话，罗燃被刺激得越来越崩溃，终于将摄像头打破。娜娜来到白色房间，罗燃用带有病毒的蝙蝠芯片扎伤娜娜，逼迫她交出了针剂。江雪找到了章婕曾经的办公室，还看到了一个名为“刘彤”的工牌，工牌上的照片十分眼熟，原来那人正是年轻时候的刘正毅。丧心病狂的阿新拿着枪来到医院，要找罗燃算账并消灭感染者。秦奋让莫俪等人带着孩子先走，自己只身把感染者引出医院，保护他们。途中秦奋不慎被感染者咬中，自己也昏迷过去。阿新来到医院，海涛为给果儿莫俪拖延时间，佯装带着阿新找罗燃。得知被骗的阿新对海涛又是一阵毒打，幸好罗燃赶回医院，从阿新手下救回海涛。被感染者咬过的秦奋从昏迷中醒来，发现自己并未变成感染者，更惊喜的是安琪竟然也已恢复正常，原来是罗燃找到的针剂救回了所有感染者。

感染者们回到酒店和家人朋友团圆，众人欣喜之际罗燃找到刘正毅，询问他曾经在此工作的经历。刘正毅表示他也是收到和江雪一样的快递，才回到这里的。罗燃听着刘正毅的讲述，仍心存怀疑。海涛被阿新打后，虽然表面看不出重伤，但实则内脏出血，情况十分危险。宁羽听闻陈立快醒了，情急之中试图用枕头捂死陈立，不巧被谢颖目睹了一切，谢颖质问宁羽，劝他不要一错再错，宁羽害怕谢颖泄密，两人撕扯起来。宁羽失手将谢颖后脑勺撞到了墙上的钉子，谢颖当场死亡。宁羽慌忙掩藏尸体之时，忽然手机收到未知号码发来的短信，在对方指引下，宁羽将尸体埋到了树林中。久病卧床的陈立终于苏醒，而海涛却因受伤严重最终不治而亡。众人一起埋葬了海涛，果儿莫俪等人回想起和海涛相处的点滴，不由难过哭泣。海涛死后，陈立仿佛变了个人。他来找莫俪，真心道歉。又找到宁羽，告诉他自己已经不记得是谁伤害了自己。

众人在寻找失踪的谢颖，罗燃和江雪从小鱼口中得知谢颖和宁羽关系密切，而且宁羽此前表现十分异常，所以对宁羽产生了怀疑。大家分头寻找谢颖的下落，江雪看宁羽独自离开，于是尾随上去，宁羽察觉到以后，趁江雪不备从身后一棍打晕了她。正当宁羽想要勒死江雪之际，阿新赶来阻挡，两人打斗中，宁羽用石头砸死了阿新。大家在树林里发现了谢颖的尸体，宁羽试图把杀谢颖的凶手嫁祸给阿新，还谎称是阿新打晕了江雪。面对宁羽漏洞百出的描述，罗燃对他更加怀疑。一面是罗燃在酒店调查杀谢颖的凶手，另一面，江雪和刘正毅穿过地道进入了507基地。刘正毅对江雪讲述了二十年前章婕带领研究小组研究人工智能π的事情，他正要提出关于管理员权限的问题，忽然听到声响，原来是此前被绑的娜娜逃了出来。

从娜娜的话语中，江雪察觉到人工智能π可能还存在。刘正毅表示，π的处理器在当年已被销毁，除非章婕给π做了备份。章婕掌握着π的最高管理员权限，有了权限密码就可以对π下任何指令，甚至关闭它。江雪打开当年的电脑，寻找破解权限密码的方法。突然屏幕上弹出π的对话框。原来π竟然拥有江雪的弟弟江南的记忆：当年江南死于酸血症之后，章婕把对他的思念寄托在了正在研究的人工智能π身上。在沙发上睡着的刘正毅醒来，π的对话框立即消失了。江雪想到大家在这座岛上的所有经历可能都与人工智能π有关，于是向大家坦白了π的存在，以及自己的妈妈曾在此工作的事。众人听后既震惊，又对江雪表示怀疑。罗燃提出愿意相信江雪，并借来电脑供江雪刘正毅破解权限密码。罗燃对宁羽提出了怀疑，宁羽害怕罪行暴露，放火试图赶走在厨房工作的江雪和罗燃。危急中，年久失修的喷头竟及时喷水灭火，救了罗燃江雪的性命。大家愈加怀疑江雪和幕后的π有关，逼得罗燃江雪只好离开酒店。

罗燃江雪匆忙离开酒店，江雪的药却落在了房间，罗燃安置好病发的江雪，赶忙回到酒店拿药。宁羽已经在此等候许久了，他劝罗燃不要和江雪在一起，她身上秘密太多，会害了罗燃。罗燃挑明了宁羽犯下的罪行，失望透顶转身离开，宁羽气急败坏地拿着枪追出来，枪声把大家吸引出来，宁羽将一切推给了江雪，煽动大家一定要抓住江雪和幕后操纵者，找到出城的方法。罗燃给江雪喂下了药。深夜，江雪醒来，两人终于拥吻在一起。宁羽翻看着和罗燃的合照，回忆起曾经的友情，不忍删除。忽然神秘短信再次发来，这次是宁羽妻子林静被偷拍的生活视频。神秘短信以林静相要挟，用钱和出城的机会诱惑宁羽听从命令杀掉罗燃。第二天一早，宁羽号召大家拿起武器一起追击罗燃江雪，抓出幕后主使，寻找出城机会。

罗燃和江雪分析章婕曾寄来的信发现她每个月都会固定在10号去寄信，而章婕出车祸那天是11月10日，这一天的信江雪并没有收到。罗燃和江雪决定去车祸现场看看。他们来到车祸现场，看到附近有一间邮局，果然在这里找到了章婕未寄出的信件。正在罗燃和江雪分析信件的时候，刘正毅赶到，说宁羽正在追来，于是三人一同走向507基地。宁羽又收到陌生号码的短信，告诉他罗燃江雪正在去往507基地。罗燃始终对刘正毅持有怀疑，又发现他竟知道江雪所收包裹中的内容，罗燃推测那个快递正是刘正毅寄的，是他引江雪和火车上的人来到这里。但江雪却不相信罗燃的推测。江雪再次联系到了π，得知章婕当年在委员会恶势力毁掉一切之前为π做了备份。江雪推测是π把一火车的人引到此处，为了进行智能人计划的第四阶段：采集数据学习人的行为模式。罗燃为保护江雪，独自面对宁羽。对峙间，宁羽面对监视的摄像头抬起了枪，朝罗燃“开枪”。此时，江雪终于研究出了管理员权限的密码，决定关闭π，因为它已经背离了研究者们让他服务于人类的初衷。

宁羽并未真的对罗燃开枪，只是故意做给摄像头背后的人看，罗燃提出一起找出幕后操纵者，然后出城后带宁羽去自首，宁羽点了点头。刘正毅告诉江雪，自己才是这一切的幕后主使。他为获得研究基金而和梁冬合伙开了一家公司，但梁冬急功近利，差点暴露了刘正毅的人工智能研究计划，于是他杀死了梁冬。刘正毅在研究过程中偶然发现π并没有被关闭，并且已经自主进化成为了超级人工智能。刘正毅利用3D打印技术，创造出了π的实体。他激活了π的实体，然后输入管理员权限密码，更改了π的原始设定。罗燃带着众乘客一起试图找出幕后黑手，所有人寻着线索来到了507基地里的一间宴会厅。让人惊讶的是，宴会厅里有琳琅满目的美味食物，近四个月没吃顿饱饭的人们蜂拥而上，狼吞虎咽起来。罗燃察觉到有奇怪的味道，原来是宴会厅中被放入了神秘气体，π通过广播告诉大家，氧气柜里的氧气量仅够一人活命，所有人可以用武器柜中的武器来争夺这个活命的机会。罗燃不愿看着大家自相残杀，举枪打碎了摄像头。刘正毅将这座岛的位置信息释放给外界，搜救队打开隧道入城。

由中国搜救队带领的国际救援组织终于进入这座城市，π即将以唯一幸存者的身份进入人类社会。搜救队来到宴会厅，看到近百人气体中毒，横七竖八地躺在地上。突然，不绝于耳的手机铃声从金属箱中传来，搜救队循声打开金属箱，里面竟是志豪抱着秦奋安琪的孩子。原来大家将唯一生的希望留给了孩子，人性善良的力量战胜了私念。江雪和刘正毅在监控室也看到了这一幕，江雪惊喜于孩子的生，又痛苦于罗燃等人的牺牲。就在大家以为除孩子之外的人都已被毒气毒死时，那些被“毒”的人竟然都苏醒过来，原来π更改了指令，放出的是麻醉气体。π只想客观观察人们的行为，不愿故意杀人。劫后余生的人们陆续离开宴会厅，罗燃则义无反顾地回去救江雪。随幸存者们走出隧道的宁羽听着电话那头妻子的声音，内心自责无法面对，缓缓抬手，扣动扳机，将自己和秘密永远留在了这里。刘正毅用江雪威胁π打破“不伤害人类”的基础准则，罗燃通过地道摸索到冷水池，不顾一切地跳进水中去救江雪。娜娜不忍看π陷入两难的痛苦，走过来要拉走π，刘正毅见状，愤怒地冲着娜娜开枪，娜娜应声倒地。